一、腸道菌群與大腦
腸道菌群會產生大腦中活躍神經的神經傳導物質，如GABA、血清素、多巴胺和正腎上腺素等激素，這些神經遞質對神經細胞、大腦功能非常重要。
二、腸道菌群與免疫系統
人體中90%的基因編碼是細菌帶來的，它們產生的代謝產物可被免疫系統偵測到，與免疫系統及其他系統相互作用。
其一為組織胺，組織胺具保護、破壞作用，取決於宿主腸道內組織胺降解酶的活性和不同宿主免疫細胞上的不同組織胺受體，研究發現，免疫異常患者，往往也存在腸道菌群紊亂。
三、決定人類腸道菌群組成的因素
1、環境影響
居住地周圍環境，會對腸道菌群產生影響。
2、出生方式
如嬰兒通過陰道出生，那最初細菌主要從母親的陰道中獲得；如剖腹出生，最初獲得的細菌將來自醫生、護士或分娩父母的皮膚。
3、生活壓力
現代人工作壓力都很大，對腸道菌群影響非常大。
4、抗生素等藥物
抗生素等藥物會顯著改變腸道菌群。
5、運動
運動也會影響腸道菌群。
6、飲食
飲食是否均衡健康，對於腸道菌群影響非常大。