腸道菌群多樣性是描述腸道微生物種類豐富度與均勻度的研究指標；族群研究中低豐富度與代謝指標較差相關，觀察研究顯示每週吃超過 30 種植物者多樣性較高，隨機試驗則顯示增加發酵食物可提升多樣性並降低發炎蛋白；但多樣性會受排便軟硬度與用藥影響，2025 年國際共識也指出腸道菌檢測目前不適合常規用於臨床判斷。